Da tomatbrun rugosefrugtvirus inficerer tomat- og peberplanter over hele kloden, arbejder frøfirmaer med at opdrætte en resistent tomat.
Rige genetiske og genomiske ressourcer var tilgængelige for opdrættere af tomat, allerede før tomatens genomiske sekventeringsprojekter blev startet. Store tomatkimplasmasamlinger har længe været etableret flere steder. Mere end 75,000 tomattiltrædelser er bevaret i genbanker rundt om i verden. En af de største er USDA-genbanken i Genève, NY.
Sekventering af tomatgenomet blev indledt i 2005 som en multinational indsats mellem 14 lande og afsluttet i 2012. Disse bestræbelser er blevet kraftigt fremskyndet med anvendelsen af kunstig intelligens, maskinlæring og avancerede algoritmer til at analysere store mængder genetiske og fænotypiske data.
Tomat Pan-genom
Forskere fra Boyce Thompson Institute i 2020 skabte et referencegenom af høj kvalitet til vilde tomater for at producere et mere komplet og nyttigt tomatpannegenom. De opdagede sektioner af genomet, der ligger til grund for frugtsmag, størrelse og modning, stresstolerance og sygdomsresistens. Dels takket være banebrydende sekventeringsteknologier, der kan læse meget lange stykker DNA, er referencegenomet mere komplet og præcist end den eksisterende database.
Ældre sekventeringsteknologier, der læser kortere stykker DNA, identificerer mutationer på enkeltbaseniveau. De er imidlertid ikke gode til at finde strukturelle varianter som indsættelser, sletninger, inversioner eller duplikationer af store DNA-klumper.
I 2019 konstruerede en international gruppe forskere et tomatpannegenom ved hjælp af genomsekvenser fra 725 fylogenetisk og geografisk repræsentative sorter. Denne database indeholder 4,873 gener, der ikke findes i det originale referencegenom. Nuværende / fraværende variationer analyser afslørede væsentligt gentab og intens negativ udvælgelse af gener og promotorer under tomatdomestisering og forbedring.
Læs hele artiklen på www.seedworld.com.